Cu o aprobare clară de 61,2%, electoratul din Zurich a deschis calea noului operator aeroportuar privatizat în 1999. La 1 aprilie 2000, Flughafen Zürich AG și-a început activitatea ca o companie economica mixtă. Înainte de privatizare, Flughafen-Immobilien- Gesellschaft (FIG), o societate pe acțiuni, era responsabilă de construcția și exploatarea clădirilor aeroportului, în timp ce Flughafen Direktion Zürich (FDZ), ca parte a departamentului economic cantonal, era responsabilă de operațiunile aeroportuare, precum și de construcția și întreținerea structurilor subterane. Privatizarea a fost un răspuns la condițiile în schimbare ale pieței în aviație și la noile cerințe asociate de flexibilitate și eficiență. Lansarea companiei nu a fost deloc ușoară: a cincea fază de construcție, inclusiv Airside Center, Skymetro și Dock E, tocmai era în curs de implementare, iar investițiile erau mari, când 9/11 și împământarea Swissair au prezentat companiei provocări majore.
